ストーリーは、シガーニー・ウィーヴァー扮する主人公の宇宙船搭乗員“リプリー”が凶暴な宇宙生物“エイリアン”と対決するという内容。主人公“リプリー”は２００年前に亡くなっているが、クローンとして再生させられたという設定になっていた。主人公が搭乗している宇宙船“オーリガ号”は軍の艦船で、生物兵器として“エイリアン”を養殖していた。しかし、養殖していた“エイリアン”が逃げ出し、宇宙船の船員達を襲い始める。“オーリガ号”と取引に来ていた“ベティ号”の搭乗員も“エイリアン”に襲われていく。“エイリアン・クィーン”は人間の遺伝子を取り込み、人間に近い“エイリアン”を誕生させる。

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