辞書を調べてみると次のようになっていました。

【旅館】
料金を得て旅客を宿泊させる和風施設。やどや。

【民宿】
農山漁村や観光地などで、一般の民家が営業許可を得て自宅に旅行者を宿泊させること。また、その宿。

つまり、旅館は最初から旅客を宿泊させる目的で作られた施設であるのに対し、民宿はあくまで民家であって、それを旅客の宿泊のために使っているということになります。