平安時代に平将門と同じ時期に反乱を起こしたことで有名です。一説に二人は共謀して乱を起こしたと言いますが、これはあり得ないことだそうです。

藤原氏が勢力を延ばした時代で、藤原氏の以外の貴族はあまり出世できない状態になっていましたが、すべての藤原氏が出世できるわけではありませんでした。そんな中で藤原純友は不満を募らせていたようです。
伊予（現在の愛媛県）の掾という役人に就任し、伊予の治安を任されるんですが、海賊と繋がるようになっていきます。そして、任期終了後も伊予に留まり朝廷の米を奪い取るようなことを始め、とうとう海賊の首領にまでなります。このころ、東日本では平将門が乱を起こすのですが、朝廷は藤原純友を抑えるために従５位下という官職を与え沈静化を図るのですが、効果がありません。それどころか、反乱は拡大する一方で讃岐、阿波、備前、備後を襲い、瀬戸内海を支配下に治めるまでになりました。

その後、小野好古が征西大将軍に任命され、藤原純友鎮圧のために出陣します。この頃平将門が鎮圧されたので、朝廷はその大軍を純友鎮圧のため送りんできます。こうなると太宰府を襲った純友も大変で、伊予に逃げるのですが、伊予の橘遠保に捕らえられ殺されました。享年４９才だったそうです。

平将門とともに国家転覆を目指したのでしょうが、なかなか上手くはいかないものですね。