太平洋上で原因不明の海難事故が多発。一方、五島列島に凶暴で巨大な怪鳥ギャオスが出現。海難事故を調査中の海上保安庁の米森良成は、謎の文字が刻まれた 金属板を発見する。触れてみると突如光がはじけ、海に放り出された米森は、そこでガメラを目撃する。福岡、富士山ろく、そして東京を舞台に二大怪獣の戦い が繰り広げられる。スティーブン・セガールの娘・藤谷文子がガメラと心を通わせる少女役を好演。