ストーリーは、釈由美子扮する主人公の対特殊生物自衛隊三尉“家城茜”が“メカゴジラ”を操縦するという内容。対特殊生物自衛隊は“メーサー殺獣光線車”などで“ゴジラ”に対抗していたが、“３式機龍”通称“メカゴジラ”を開発する。主人公は支援航空機“ＡＣ－３／しらさぎ”から“メカゴジラ”を操縦し、“ゴジラ”に立ち向かう。

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