ストーリーは、加山雄三扮する主人公の蘭学医“保本登”が小石川養生所に赴任するという内容。主人公は長崎への留学を修了し江戸に戻る。幕府の御番医を希望していた主人公は、意に反して小石川養生所に配属される。配属当初は腐っていた主人公は、小石川養生所医師“新出去定”（通称：赤ひげ）の仕事ぶりに医術のやり甲斐に気づいて行く。

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