ストーリーは、主人公の地球連邦政府軍パイロット“アムロ・レイ”がモビルスーツガンダムを操縦し、敵軍と戦うという内容。地球連邦軍基地ジャブローから中立コロニー群サイド６に主人公達は向かう。主人公は非戦闘地域コロニーで一時の平穏を過ごす。