ストーリーは、主人公の高校生“工藤新一”が拳銃密輸に関わってしまい、犯罪グループ“黒の組織”に毒薬を飲まされるという内容。毒薬の影響で主人公は小学生の体になり、“江戸川コナン”として生活することになる。主人公は“毛利小五郎”探偵の家に居候し、色々な難事件を解決していくこととなる。