ストーリーは、主人公の小学生“江戸川コナン”が銭湯で謎の男たちに誘拐されるという内容。主人公は誘拐された先で謎の男たちの目的を探る。主人公はニホリカ国の女王と子息に爆弾テロを仕掛けようとする企てに巻き込まれる。