ストーリーは、キアヌ・リーヴス扮する主人公のコンピュータ・プログラマ“トーマス・アンダーソン”がソフトウェア企業メタ・コーテックス社に勤務するという内容。主人公は自分が社会生活を送っている世界が仮想現実だと“モーフィアス”から告げられる。主人公は現実世界に目覚め、工作船「ネブカドネザル号」に搭乗することとなる。

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