ストーリーは、主人公のパイロット“ヒイロ・ユイ”がモビルスーツ「ウイングガンダムゼロ」を操縦するという内容。マリーメイア軍の実質的責任者“デキム・バートン”が推進するオペレーション・メテオによる地上制圧に主人公達は対抗する。