ストーリーは、主人公の少年“星野鉄郎”が地球での機械人間との戦争を戦うという内容。しかし、主人公に旅人“メーテル”から「銀河鉄道９９９」に搭乗するよう連絡があり、再び宇宙へ旅立つ。主人公は惑星「ヘビーメルダー」、「ラーメタル」、「モザイク」、「大アンドロメダ」などを巡る。主人公は惑星「大アンドロメダ」の機械帝国で、女帝“プロメシューム”、幹部“黒騎士”と対決する。