ストーリーは、前嶋曜扮する主人公の青年“千翼”が「仮面ライダーアマゾンネオ」として活躍するという内容。大手製薬会社「野座間製薬」がの研究プロジェクトで人工生命体アマゾンが開発され、人工生命体アマゾンの実験体４０００が流出する。人工生命体アマゾンは食人衝動を持ちながら市井に散開する。政府は「４Ｃ」という組織を作り人工生命体アマゾン実験体の捜索と駆除を始め、主人公も「４Ｃ」の一員としてアマゾン狩りに加わる。主人公は活動の中で「４Ｃ」“星埜イユ”と親しくなる。しかし、“星埜イユ”は死者からシグマタイプのアマゾンとして「４Ｃ」に参加したアマゾンだった。