ストーリーは、主人公の配管工“マリオ”がアメリカのブルックリンで事業を行うという内容。主人公がブルックリンの市街地の地下の配管を調べていると、広大な配管空間に出くわし、異世界に導かれてしまう。異世界ではカメ族大魔王“クッパ”がキノコ王国への侵略を企てていた。主人公はキノコ王国“ピーチ姫”とともに、ジャングル王国との同盟を計画する。