ストーリーは、ジョン・ボイエガ扮する主人公のパイロット“ジェイク・ペントコスト”が環太平洋防衛軍に復帰するという内容。地球では、太平洋の海底の次元の裂け目から突如現れた巨大生物「ＫＡＩＪＵ」が暴れていた。人類は環太平洋防衛軍で人型巨大兵器「イェーガー」部隊を編成し、巨大生物「ＫＡＩＪＵ」に立ち向かう。一方、人型巨大兵器「イェーガー」開発企業「シャオ産業」の技術者“ニュートン・ガイズラー”は巨大生物「ＫＡＩＪＵ」の脳とドリフト実験で、洗脳され人類に敵対してしまう。