ストーリーは、高桑勉扮する主人公の小学生“北山弘”が大魔獣「ジャイガー」に立ち向かうという内容。大魔獣「ジャイガー」に「ガメラ」が戦いを挑んだが、「ガメラ」は体内に「ジャイガー」の幼虫を産み付けられる。主人公は小型潜水挺で「ガメラ」体内の「ジャイガー」の幼虫駆除に向かう。