ストーリーは、キアヌ・リーヴス扮する主人公のコンピュータ・プログラマ“トーマス・アンダーソン”がゲームソフトウェア企業「デウス・マキナ」社に勤務するという内容。主人公はゲームソフト「バイナリー」開発を担当していたが、幻覚に悩まされる。ある日、主人公は職場でゲームのキャラクター“モーフィアス”が実体として現れ、ゲームの世界に誘う。