ストーリーは、ヒュー・ジャックマン扮する主人公のミュータントがミュータント撲滅を目論む政府の一部の勢力と対決するという内容。政府の一部の勢力の首魁“ウィリアム・ストライカー”が超能力増幅器“セレブロ”を使ってミュータントの全滅を計画する。