ストーリーは、主人公の科学忍者隊のリーダー“大鷲の健”が科学兵団ギャラクターに立ち向かうという内容。主人公“大鷲の健”は、“コンドルのジョー”、“白鳥のジュン”、“燕の甚平”、“みみずくの竜”と共に、科学兵団ギャラクターを率いる“総裁Ｘ”、幹部の“ベルクカッツェ”と戦って行く。科学兵団ギャラクターは巨大ロボット“キング・ドラゴン”を使って飛行空母“マンモス・タイガー”を破壊し、海底ウラン工場を奪取する。科学忍者隊は大型戦闘機“ゴッド・フェニックス”を使って“キング・ドラゴン”壊滅に赴く。その後も主人公は科学忍者隊創立者“南部考三郎博士”や別働隊“レッドインパルス”と協力しながら活動して行く。