ストーリーは、ウィル・スミス扮する主人公のニューヨーク市の警察官“ジェームズ・エドワーズ”が秘密組織ＭＩＢ（メン・イン・ブラック）にスカウトされるという内容。主人公は秘密組織ＭＩＢ参加二日目から最前線の現場に配属される。